Aplicaciones de la teoría de nudos: quilaridad y la proteína p53

Autores/as

DOI:

https://doi.org/10.61117/ipsumtec.v6i4.271

Palabras clave:

Nudo, Quilaridad, P53, ADN, Medicamentos oncológicos

Resumen

En este trabajo introducimos algunos conceptos clásicos de la teoría de nudos tales como son la torsión, el número de ligadura, el número de desanude la imagen espejo y la quilaridad de un nudo, así como el giro de una banda. Posteriormente traducimos estos conceptos al modelado del ADN y moléculas similares como la proteína P53, que se sintetiza de la molécula del ADN y es conocida como el guardián del genoma, ya que tiene un protocolo para impedir el crecimiento de células dañadas. Finalmente establecimos la quilaridad de la proteína P53 y comentamos algunos usos en el diseño de medicamentos.

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Edward Witten, Fivebranes and Knots, http://arxiv.org/abs/1101.3216

Christopher C. Walker, Theodore L. Fobe, Michael R. Shirts, How cooperatively folding are homopolymer molecular knots? Macromolecules 2022, 55, 19, 8419–8437. DOI: https://doi.org/10.1021/acs.macromol.2c00881

Joseph L Sleiman, Robin H Burton, Michele Caraglio, Yair Augusto Gutierrez Fosado, Davide Michieletto, Geometric Predictors of Knotted and Linked Arcs. ACS Polym Au. 2022, volume 2(5), pages 341-350. DOI: https://doi.org/10.1021/acspolymersau.2c00021

Shensheng Chen, Tingtao Zhou, Polyelectrolyte Knot Delocalization Induced by Counterion Condensation, ArXiv

Levinthal, Cyrus (1968) Are there pathways for protein folding?. Journal de Chimie Physique et de Physico-Chimie Biologique 65: 44-45. DOI: https://doi.org/10.1051/jcp/1968650044

De J Alas-Guardado, S., Rojo, A., & Merino, G. (2011). La paradoja de Levinthal: cuando una contradicción se vuelve lógica. Educación Química, 22(1), 51-54. DOI: https://doi.org/10.1016/S0187-893X(18)30114-9

Curso en línea sobre codificación genética. https://www.youtube.com/playlist?list=PL2mpR0RYFsBiCWVJSvVAO3OJ2t7DzoHA

Bruno Contreras Moreira (2022) Algoritmos en Bioinformática Estructural. http://eead-csic-compbio.github.io/bioinformatica_estructural/#foldit

Database, A. P. S. (s. f.). AlphaFold Protein Structure Database. https://alphafold.ebi.ac.uk/

Jumper, J., Evans, R., Pritzel, A., Green, T., Figurnov, M., Ronneberger, O., Tunyasuvunakool, K., Bates, R., Žídek, A., Potapenko, A., Bridgland, A., Meyer, C., Kohl, S. A. A., Ballard, A. J., Cowie, A., Romera-Paredes, B., Nikolov, S., Jain, R., Adler, J., Hassabis, D. (2021). Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature, 596(7873), 583-589. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2

Efstratia Kalfagianni, Rob Mcconkey. (2023) Crossing numbers of cable knots. DOI: https://doi.org/10.1112/blms.13140

Vassily Manturoy. (2018) Knot Theory, second edition. CRC Press.

Reidemeister, Kurt (1927), Elementare Begründung der Knotentheorie, Abh. Math. Sem. Univ. Hamburg, 5 (1): 24–32, doi:10.1007/BF02952507, MR 3069462, S2CID 120149796 DOI: https://doi.org/10.1007/BF02952507

Alexander, James W.; Briggs, Garland B. (1926), On types of knotted curves, Annals of Mathematics, 28 (1/4): 562–586, doi:10.2307/1968399, JSTOR 1968399, MR 1502807 DOI: https://doi.org/10.2307/1968399

Gilberto Pardo Andreu, Patricia Hernández Casaña y Dr. René Delgado Hernández (2005) La apoptosis y la senescencia celular: mecanismos supresores de tumores Rev cubana med v.44 n.1-2 Ciudad de la Habana.

Joaquín Jordán. (2003), Apoptosis: muerte celular programada. Volo22, Num 6

Jian Dong Chen. (2016, marzo). The Cell-Cycle Arrest and Apoptotic Functions of p53 in Tumor Initiation and Progression. PubMed Central. Recuperado 10 de junio de 2023, de

Basu, S., & Murphy, M. E. (2016). Genetic modifiers of the P53 pathway. Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine, 6(4), a026302. DOI: https://doi.org/10.1101/cshperspect.a026302

Chen, J. (2016). The Cell-Cycle arrest and apoptotic functions of P53 in tumor initiation and progression. Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine, 6(3), a026104. DOI: https://doi.org/10.1101/cshperspect.a026104

D. Quintela Senra, JJB López Sáez, A. Senra Varela (2001) La proteína p53 y el cáncer de mama. Revisión crítica Revista de Senología y Patología Mamaria - Journal of Breast Science. Vol 14. Num 2. Pag 71-77

Ghatak, D., Ghosh, D. D., & Roychoudhury, S. (2021). Cancer stemness: p53 at the wheel. Frontiers in Oncology, 10 DOI: https://doi.org/10.3389/fonc.2020.604124

Erica Flapan, (2016). Knot, molecules and the universe. An introduction to topology. AMS DOI: https://doi.org/10.1090/mbk/096

Wei Chen, Yihui Ren, Ai Kagawa, Matthew R. Carbone, Samuel Yen-Chi Chen, Xiaohui Qu, Shinjae Yoo, Austin Clyde, Arvind Ramanathan, Rick L. Stevens, Hubertus J. J. van Dam, and Deyu Liu Transferable Graph Neural Fingerprint Models for Quick Response to Future Bio-Threats

Jonas Berx, Alireza Mashaghi. Decoding chirality in circuit topology of a self entangled chain through braiding. Soft Matter, 2023, Advance Article DOI: https://doi.org/10.1039/D3SM00390F

Hai Lan, Xian Wei. Simplicial Message Passing for Chemical Property Prediction.

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2023-10-27

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Cómo citar

Toledo-Toledo, J., García Sánchez , D. E., Márquez Lázaro , N., & López Antonio , A. (2023). Aplicaciones de la teoría de nudos: quilaridad y la proteína p53. REVISTA IPSUMTEC, 6(4), 114–122. https://doi.org/10.61117/ipsumtec.v6i4.271

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